Czesi należą do Słowian Zachodnich. Na początku IX wieku ich plemiona popadły w zależność od Franków. Początki państwa czeskiego sięgają czasów, gdy książę Borzywoj z rodu Przemyślidów (ok. 850-900) przeniósł swą siedzibę na dzisiejsze wzgórze zamkowe w Pradze. Za panowania Borzywoja plemiona czeskie oderwały się od Wielkich Moraw (895), ale dopiero jego syn, Wratysław I (905-921) stał się twórcą państwa czeskiego.
Wacław (921-935) popadł w uzależnienie lenne od cesarza rzymskiego, zachowując jednak pełną autonomię. Mimo wojen czesko-niemieckich (935-950, 990, 1040-1041, 1126) związek z Cesarstwem Rzymskim – Imperium sacri romani, został utrzymany.
Prawa Rzeszy nie obowiązywały w Czechach i nie mogły tu stacjonować wojska cesarskie, ale cesarzowi płacono trybut, władca Czech, od XIII wieku jako jeden z czterech świeckich książąt Rzeszy (oficjalnie od 1356 roku), uczestniczył w jej sejmach i dostarczał wojska na wyprawy wojenne cesarza. Od 1041 roku książę czeski przysięgał na wierność swemu suwerenowi, stając się w praktyce jego dobrowolnym sojusznikiem.
Wacław popierał chrześcijaństwo i gdy został zamordowany przez swego młodszego brata Bolesława (935-972) Kościół rozwinął jego kult. Bolesław pozwolił przenieść zwłoki brata do katedry św. Wita w Pradze, a pod koniec X wieku Wacława kanonizowano. Stał się on patronem Czech i symbolem państwowości czeskiej.
Pierwsi książęta czescy – 14 wojewodów ze swymi drużynami – przyjęli chrzest w Ratyzbonie (845) i choć w spadku po Państwie Wielkomorawskim, przez pewien czas utrzymywała się w Czechach liturgia słowiańska, gdy papież odrzucił prośbę o obrządek słowiański (1080), zapanował tu niepodzielnie Kościół zachodni za pośrednictwem kleru niemieckiego. Wratysław I (905-921) podporządkował Kościół czeski biskupstwu w Ratyzbonie. Biskupstwo praskie, podporządkowane arcybiskupstwu w Moguncji, utworzono w 973 roku. Wtedy podporządkowano mu biskupstwo ołomunieckie i nowoutworzone litomyskie.
W 955 roku Czesi przyłączyli Morawy, które po upadku Państwa Wielkomorawskiego należały przejściowo do Węgier, natomiast nie udało im się utrzymać Śląska i Polski południowej: Krakowa i Sandomierza, utraconych na rzecz Polski, odpowiednio w roku 990 i 999.
Od X do początków XIV wieku żywa była idea utworzenia jednego państwa zachodniosłowiańskiego, które obejmowałoby co najmniej Czechy, Morawy i Polskę.
Próby takie podejmował ze strony polskiej Chrobry w latach 1003-1004, a ze strony czeskiej Brzetysław I (1034-1055) i następnie Wratysław II (1061-1092), który uzyskał tytuł króla Czech i Polski (1085) od cesarza Henryka IV w zamian za poparcie w sporze o inwestyturę z Grzegorzem VII. Wratysław II otrzymał też Zgorzelec i Budziszyn w 1076 roku (Łużyce Górne odstąpiono Marchii Branderburskiej w 1253 roku). Władysław II otrzymał tytuł królewski jako Władysław I od cesarza Fryderyka I Barbarossy (1158) i odtąd Czechy weszły na stałe w skład Rzeszy.
Przemysław I Ottokar (1197-1230), dzięki polityce zmiennych sojuszy ze Sztaufami i Welfami, walczącymi o władzę w cesarstwie, uzyskał od Hohenstaufów prawo do dziedziczenia korony królewskiej (1198), dotąd przyznawanej przez cesarza jedynie dożywotnio. Po przejściu do obozu przeciwników Sztaufów, królewski tytuł Ottokara uznał papież (1204) i w praktyce władca Czech mógł wówczas opuścić Rzeszę, ale polityka królów czeskich i gospodarka państwa zbyt były związane z Niemcami, by można było zmienić orientację kraju. Fryderyk II Hohenstauf zobowiązał się nadawać Czechy w lenno tylko władcom uznanym przez samych Czechów, udział w sejmach ograniczył do tych, które odbywały się w miastach w pobliżu granicy czeskiej, a obowiązek dostarczania posiłków wojskowych zredukował do oddziału 300 zbrojnych (Złota Bulla Fryderyka II wydana 26.09.1212).
Drugim kierunkiem ekspansji Czech, oprócz obszaru Polski, była Austria i tereny dzisiejszej Słowenii. Już Wacław I (1230-1254) dążył do opanowania Austrii, ale w wyniku wojen z Węgrami zajął jedynie Górną Austrię (1254). Jego syn, Przemysł II (1253-1278) snuł plany stworzenia wielkiego królestwa, które objęłoby obszar między Adriatykiem i Bałtykiem, a nawet ziemie litewskie i ruskie, do czego później dążyli Jagiellonowie. Król Czech dwukrotnie brał udział w walkach w Prusach (1255 i 1267) oraz w toku walki z poganami. W wyniku wojen z Węgrami Przemysł II opanował Styrię (1260), a następnie Karyntię i Krainę (1271), ale popadł wówczas w konflikt z dążeniami Habsburgów. Obie dynastie nie tylko sięgały po kraje austriacke ale i po koronę cesarzy rzymskich. Król Czech, zagrożony buntem możnych, kierowanych przez ród Vitkowców, musiał zrzec się nabytków austriackich na rzecz Rudolfa Habsburga (1276). Po wznowieniu wojny z Habsburgami doszło do przegranej bitwy pod Suchymi Krutami (26.08.1278), w której zginął sam Przemysł II. Jedną trzecią armii czeskiej tworzyły posiłkowe oddziały książąt polskich, skłaniających się wówczas do tworzenia związku państwowego z Czechami. Po klęsce pod Suchymi Krutami, południowy kierunek ekspansji nie mógł się już odrodzić, ale aktualna pozostawała idea związku czeskopolskiego.
Próbowali ją realizować Wacław II (1278-1305) i jego syn Wacław III (1305-1306), którzy koronowali się na królów Polski w 1300 i 1306. Przejściowo związek dynastyczny objął też Węgry (1301-1304). Zamierzenia te nie powiodły się, m.in. ze względu na przeciwdziałanie Niemiec oraz brak porozumienia z polską elitą polityczną. Wacławowie bowiem zamiast oprzeć się w Polsce na polskiej szlachcie, powierzali urzędy Czechom i Niemcom. Czechy, po odpadnięciu Polski, krajów południowych i Węgier, pozostały ostatecznie w sferze kultury i polityki niemieckiej.
Do idei związku czesko-południowego w nowoczesnej formie współpracy czeskosłoweńskiej nawiązano następnie w XIX wieku, w okresie odrodzenia narodowego, a obecnie taki trend reprezentuje premier Klaus, który przekłada kooperację czeskosłoweńską nad związki z Polską czy grupą Wyszehradzką.
W Czechach nie doszło do rozbicia dzielnicowego, ale tradycja uposażenia młodszych książąt na Morawach doprowdziła do wyodrębnienia się tego kraju. W okresie walk dynastycznych Konrad Otto, Przemyślida ze Znojma, opanował całe Morawy i uzyskał od Fryderyka I Barbarossy (1152-1190) tytuł margrabiego Moraw jako księcia Rzeszy (1182). Powstało wówczas margrabstwo Moraw, podporządkowane jako lenno cesarzowi.
Wprawdzie wkrótce przywrócono jedność ziem czeskich (1186), a sam Konrad Otto objął tron praski (1189-1191), ale Morawy zachowały swój odrębny status i jako osobny kraj podlegały królowi Czech. Margrabiami Moraw starano się mianować braci władców czeskich, a potem tutuł ten nosili sami królowie Czech.
Od końca XII wieku do drugiej połowy XIV trwał w Czechach szybki wzrost gospodarczy, koloniacja (chłopi byli dziedzicznymi posiadaczami ziemi), rozwój miast i górnictwa do którego sprowadzono specjalistów z Niemiec. Od XIII wieku rozszerzało się niemieckie osadnictwo w dotąd rzadko zaludnionych Sudetach, co z czasem przyczyniło się do germanizacji tego obszaru. Czechy należały do najzamożniejszych i najlepiej rozwiniętych ekonomicznie regionów Europy.
Po Przemyślidach władcą Czech wybrano syna cesarza Henryka VII, Jana Luksemburskiego (1310-1346), który ożenił się z córką Wacława II. Początkowo popierał on niemieckie mieszczaństwo i kolonistów, lecz w wyniku wojny z możnowładcami i rycerstwem czeskim, zawarł z nimi ugodę w Domaźlicach (1318), na mocy której pozbył się doradców niemieckich i zrezygnował z niemieckich wojsk najemnych.
Początki monarchii stanowej sięgają przywileju wydanego pzez Przemysława I Otokara, który nadał rycerstwu i możnym prawo do dziedzicznego władania ziemią (iura Conradi 1189). Duchowieństwo otrzymało immunitet sądowniczy i zwolnienie od podatków swych poddanych w 1222 roku, a w 1311 roku Jan Luksemburski zwolnił od podatków świeckich i duchownych feudałów oraz ograniczył obowiązek stawiania się na wojnę tylko do wypadków, gdy będzie się ona toczyć w granicach państwa. Prawo do uzyskania urzędów i majątków na terenie Czech i Moraw przyznano jedynie im stałym mieszkańcom (1310, 1311). W ten sposób za czasów Jana uformowały się stany czeskie. Po Domaźlicach król i szlachta występowały w sporach już jako dwie strony prawne.
Jan Luksembuski odzyskał dla Czech Górne Łużyce: Budziszyn w 1319 i Zgorzelec w 1329 roku oraz uzależnił księstwa śląskie: Cieszyńskie, Bytomskie, Opolskie, Raciborskie, Zatorskie i Oświęcimskie w 1327 roku, Brzeskie, Oleśnickie, CZcinawskie i Legnickie w 1329, Głogowskie w 1331, Ziębickie w 1336, Wrocławskie w 1335 oraz Nyskie w 1342 roku.
Jan Luksemburski, zwłaszcza po Domaźlicach, nie interesował się Czechami, traktując je raczej jako źródło dochodów umożliwiających realizację interesów dynastycznych na terenie Rzeszy i we Włoszech, gdzie uzyskał liczne nabytki. Okres jego rządów zaznaczył się też silnymi wpływami francuskimi, m.in. przejściem tamtejszej koncepcji władzy królewskiej.
Karol IV (1346-1378) również prowadził politykę europejską; cesarzem został w 1346 roku, choć koronował się w Rzymie dopiero w 1355 roku. Przyłączył on Dolne Łużyce (1368), Brandenburgię (1374), włączył uzależnione dotychczas księstwa śląskie oraz ostatnie jeszcze samodzielne księstwa świdnickie i Jaworskie (1368).
Karol wprowadził pojście państwa czeskiego czyli Korony Czeskiej. Na mocy aktu z 7 kwietnia 1348 roku Korona Czeska dzieliła się na ziemie: Królestwo Czeskie, Margrabstwo Morawskie, Księstwa śląskie, Hrabstwo Kłodzkie, Księstwo Opawskie, Łużyce Górne i Dolne, Brandenburgię, (utracono ją na rzecz HohenzollernIEw w 1415 roku), okręg Chebu, Górny Palatynat (1353-1373) oraz formalnie lenna w Rzeszy, a nawet Księstwo Luksemburga. Był to więc związek państw połączonych unią personalną w osobie panującego, czyli króla czeskiego. Wszystkie ziemie (kraje) Korony Czeskiej wysyłały swych przedstawicieli na sejm generalny, ale nie zdobył on istotnego znaczenia. W krajowym sejmie Króleswa Czeskiego brała udział szlachta, duchowieństwo i czasami Praskie Stare Miasto. Kościół, który dostarczał kadr wykwalifikowanych urzędników i sieć miast królewskich stanowiły podstawy władzy monarszej; król mianował rajców (później władca ich już tylko zatwierdzał). Karol założył Uniwersytet Praski nawany później jego imieniem (1348), rozbudowywał miasta, zwłaszcza Pragę i dbał o rozwój kraju. W XIV wieku język czeski uzyskał status języka międzynarodowego w Europie Środkowej. Pismo Święte przetłumaczono na język czeski już w 1360 roku.
Do Czech nadal napływali Niemcy, a poszczególne ziemie integrowały się gospodarczo z sąsiednimi krajami niemieckimi, np. południowe Czechy i Morawy z Austrią, zachodnie Czechy z Górnym Palatynatem.
Cesarzami rzymskimi byli również następcy Karola: Wacław IV (1378-1419) i Zygmunt (1419-1437), z wyjątkiem okresu 1400-1410, co wiązało się z walkami na terenie Rzeszy (Zygmunt został cesarzem w 1410 roku, ale koronował się w Rzymie dopiero w 1433 roku). Za panowania Wacława doszło do buntu i wzmocnienia pozycji wyższej szlachty czyli panów, w odpowiedzi na co król starał się oprzeć na mieszczaństwie i niższej szlachcie, czyli rycerzach. Wywołało to także konflikt z hierarchią kościelną, bliższą panom, tym bardziej, że po detronizacji Wacława z tronu rzymskiego (1400), stosunki z popieranym przez Niemców papieżem Grzegorzem XII były napięte.
Po klęsce moru (1380), który spowodował śmierć 10%-15% ludności doszło w krajach czeskich do kryzysu społecznego. Zbiedniała, gdyż pozbawiona poddanych, szlachta podejmowała służbę na dworach możnych (klientyzm) lub przyłączała się do grup zbójnickich, które często pozostawały na usługach możnowładców.
Wytworzyła się w ten sposób warstwa zawodowych żołnierzy, żyjących z wojen. W wyniku wojen opustoszały niemieckie miasta Królestwa Czeskiego; miejsce zmarłych zajęli przybyli ze wsi i małych osad Czesi, co doprowadziło do konfliktu interesów między resztkami starego patrycjatu a nowymi mieszczanami. Niemcy zachowali swą pozycję tylko w dużych miastach Moraw, Śląska i Łużyc, mniej dotkniętych zarazą. Czeskie stało się nie tylko praskie Nowe ale i Stare Miasto. Wacław mianował większość czeskich rajców (1408), a następnie przyznał na uniwersytecie korporacji (nacji) czeskiej, czyli krajowej, trzy głosy wobec jednego dla nacji obcych (dekret kutnohorski 1409), co spowodowało opuszczenie Uniwersytetu Praskiego przez Niemców i jego przekształcenie w czeski ośrodek religijnego ruchu reformatorskiego.
W owym czasie reformatorzy sądzili, że zaraza i załamanie porządku społecznego zostały zesłane przez Boga, gdyż nie przestrzegano zasad życia chrześcijańskiego, a zwłaszcza dlatego, iż duchowieństwo zapomniało o posłaniu Kościoła walcząc o władzę i majątki.
Według Jana Husa, dziekana Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Praskiego, który nawiązywał do nauki Johna Wyclifa, odnowa społeczeństwa musiała zacząć się od odnowy Kościoła, czego dokonać powinno państwo czyli król i szlachta. Oznaczało to w praktyce sekularyzację majątków kościelnych. Hus głosił też wyższość prawa boskiego nad ludzkim czyli nieposłuszeństwo poddanych wobec panów żyjących w grzechu oraz absolutną moralność w życiu codziennym. Nauki te szybko rozprzestrzeniały się na terenach czeskich i tam, gdzie Niemcy utracili kontrolę nad miastami.
W XIV wieku ruch reformy kościelnej przybrał w Czechach formę herezji, choć jej wyznawcy uważali się za najczystszych katolików obdarzonych misją wobec reszty świata chrześcijańskiego. Przyczyny tego ruchu miały, jak widzieliśmy, charakter etyczny i społeczny. Potępiano moralny rozkład wyższego duchowieństwa, przeważnie pochodzenia niemieckiego, wyzysk biedoty przez Kościół oraz zwalczano patrycjat niemiecki, co pozwalało na emancypację mieszczanom czeskim. Dwór chronił Husa i wyclefistów, gdyż sam pozostawał w konflikcie z kurią rzymską i wyższym duchowieństwem w Czechach.
Hus utracił poparcie króla dopiero gdy potępił sprzedaż odpustów (1412), nie bacząc, iż część opłat miała przypaść królowi. Wacław do końca życia chronił jednak husytów. Hus, wezwany na sobór w Konstancji, mimo glejtu cesarza Zygmunta zapewniającego mu bezpieczeństwo osobiste, został spalony pod zarzutem herezji (1415). Szlachta, w tym katolicka, rozpoczęła wówczas sekularyzację majątków kościelnych i zaprzestano płacenia dziesięciny. W spaleniu Husa widziano przejaw działalności Anychrysta i zapowiedź końca świata. Na Sądzie Ostatecznym mieli być zbawieni jedynie mieszkańcy pięciu miast, w których władzę przejęli Husyci (Żatcy, Lounach, Slánym, Klatovych i początkowo w Pilznie) oraz zgromadzeni na górach (np. Tabor, Oreb), dokąd organizowano pielgrzymki w oczekiwaniu na koniec świata, wyznaczony na 11-14 lutego 1420 roku. Przedstawiciele wszystkich warstw społecznych znajdowali się zarówno w obozie reformatorów jak i katolików.
30 lipca 1419 roku zwolennicy Husa siłą przejęli władzę w praskim Nowym Mieście (I defenestracja antyreformatorskich ławników z okien ratusza), co Wacław jeszcze przed swą śmiercią aprobował. W tym momencie wyższa szlachta, skupiona wokół Ceńka Vartemberka, utraciła kontrolę nad ruchem reformatorskim. Jej program sprowadzał się do sekularyzacji dóbr kościelnych i autonomii w ramach Kościoła katolickiego. Teraz kierownictwo przejęła bardziej radykalna prowincja, a więc mieszczanie i niższa szlachta.
Uważali oni, że prawa boskie powinny być jedyną normą stosunków międzyludzkich, a Kościół powinien powrócić do czasów apostolskich. Radykałowie dzielili się na trzy grupy: orebitów we wschodnich Czechach skupionych w związku miast na czele z Hradec Králové, którym przewodził Jan Żiżka (po jego śmierci w 1424 roku przyjęli oni nazwę sierotek), taborytów w południowych i południowo-zachodnich Czechach z centrum w nowozałożonym mieście Taborze, który miał być przedsionkiem wiodącym do tysiącletniego Królestwa Chrystusowego na ziemi oraz bliski taborytom Związek miast w północnych Czechach (Żatec, Louny). Orebici chcieli likwidować przeciwników i szerzyć Prawdę siłą. Stworzyli oni doborowe oddziały zawodowe, tzw. wojska polowe. Taboryci w pierwszej fazie wyznawali wspólnotę majątkową, ale zrezygnowali z niej, gdy w wyniku represji Żiżki sekty opuściły miasto (1421). Jako jedyni taboryci stworzyli własną organizację kościelną na czele z seniorem, Mikulaszem z Pelhrzímowa. Katolicy pozostali w zachodnich i północnych Czechach oraz zachowali większość na Morawach.
Husytów nazywano kalikstynami (kalisznici) od słowa kielich (kalich) lub utrakwistami, gdyż przyjmowali komunię pod dwiema postaciami (sub utraque specie).
Gdy w 1419 roku panowie i rycerze wybrali królem cesarza rzymskiego i króla Węgier, brata zmarłego Wacława, Zygmunta Luksemburczyka (1419-1437), postawili mu warunki: sekularyzację Kościoła, utrakwizm w Czechach, niedopuszczanie Niemców do władz miejskich oraz zakaz piastowania urzędów w Czechach przez duchownych i cudzoziemców. Zygmunt rozpoczął jednak wojnę z husytami w Czechach, ale został pokonany pod Pragą na terenie obecnego Żiżkowa przez oddziały związków husyckich dowodzone przez Żiżkę. Husyci nie uznali władzy króla, żyjącego ich zdaniem wbrew nakazom prawa bożego (1420) i na sejmie powołali kolektywny organ władzy w składzie 8 mieszczan, 7 rycerzy i 5 panów (1421). Wierne Zygmuntowi pozostały natomiast Morawy, Śląsk i Łużyce. Po przejściu władzy na praskim Starym Mieście przez radykałów (1427), Czechami w praktyce rządziły husyckie związki wojskowo-polityczne: taborycki, sierotek i związek praski. Ich politykę wyznaczali księża: Prokop Holy, Prokop Wielki i Jan Rokycana. Husyci rozbijali kolejne wyprawy Zygmunta (1420-1427), a następnie sierotki i taboryci z powodzeniem atakowali kraje wierne królowi („wspaniałe wyprawy” 1428-1433). Wojny te były konieczne dla utrzymania wojska i osłabienia skutków blokady gospodarczej ogłoszonej przez papieża. Armie zawodowe nie dążyły więc do pokoju, podczas gdy zamożniejsze warstwy miały już dość wojen.
Program kalikstynów ujęty w tzw. artykułach praskich obejmował: utrakwizm jako symbol równości wiernych wobec Boga, karanie grzechów śmiertelnych przez władze świeckie, swobodę kaznodziejstwa czyli mesjanizm husycki i zakaz posiadania majątku przez duchowieństwo czyli sekularyzację dóbr kościelnych.
Gdy próba porozumienia kalikstynów z Jagiellonami nie powiodła się, a Sobór w Bazylei zgodził się na rokowania (1432), większość kalikstynów była gotowa zawrzeć pokój, radykałów jednak (część sierotek i taborytów) nie zadowalała autonomia religijna, gdyż chcieli artykuły praskie narzucić także katolikom. Wówczas umiarkowani husyci, głównie prażanie, rozbili już wewnętrznie skłócony obóz taborytów-sierotek (Lipany 1434) i zawarli ugodę z Soborem bazylejskim (tzw. kompakty praskie 1436), która przyjmowała artykuły praskie jako obowiązujące dla kalikstynów w Czechach i na Morawach oraz pozwolili Zygmuntowi Luksemburskiemu objąć władzę w Pradze (1436). Konflikt został jedynie zamrożony, ponieważ papież nie aprobował kompaktów. W Królestwie Czeskim nastąpiły jednak zasadnicze zmiany; duchowieństwo zostało usunięte z sejmu krajowego, który odtąd obradował w trzech kuriach: panów, rycerzy i miast królewskich (na Morawach pozostała kuria prałatów). Niemcy już wcześniej opuścili miasta husyckie, a ich majątek pozostał w rękach czeskich. Pełnoprawnym mieszczaninem w ośrodkach husyckich nie mógł być ani Niemiec, ani katolik. Król aprobował zmiany w stanie posiadania; dobra kościelne przeszły nie tylko w ręce szlachty, ale też mieszczan i miast (w tym katolików). Kościół katolicki stracił prawie cały majątek w Królestwie Czeskim.
Odtąd katolicy czescy dzielili się na kalikstynów i katolików, na czele obu grup stał arcybiskup praski Jan Rokycana, sam należący do umiarkowanych utrakwistów. Umiarkowani kalikstyni zwyciężyli więc, choć na razie jeszcze Tabor nie uznał kompaktów. Król dla zapewnienia pokoju nadał jednak Taborowi rangę miasta królewskiego.
Po śmierci Zygmunta (1437) katolicy wybrali królem Albrechta II Habsburga (1437- 1439), którego poparła też część kalikstynów, reszta opowiedziała się natomiast za Kazimierzem Jagiellończykiem. W praktyce krajem rządziły związki wojskowo-polityczne zwane lanfrydami (od niem. Landfrieden). Jirzí z Podiebradów, przywódca 4 wschodnioczeskich lanfrydów, stanął na czele umiarkowanych kalikstynów, wzmocnionych dawnymi taborytami i zdobył Pragę (1448). Dopiero Jirzíemu taboryci wydali Mikulasza (1452) i wówczas ich odrębna organizacja kościelna przestała istnieć, a wszyscy husyci zjednoczyli się na zasadzie kompaktów. Jirzí z Podiebradów najpierw sprawował faktyczną władzę w imieniu syna Albrechta, Władysława Pogrobowca (1440- 1457), jako zarządca kraju, a następnie zapewnił sobie wybór na króla Czech (2.03.1458). Była to pierwsza elekcja dokonana przez czeski sejm krajowy.
Gdy Pius II wyklął króla Czech (1465), a katolicy ofiarowali koronę węgierskiemu królowi Maciejowi Korwinowi (1469), Jirzí z Podiebradów spowodował, że krajowy sejm czeski ogłosił następcą tronu Władysława Jagiellończyka. Po śmierci Jirzíego sejm Królestwa Czeskiego wybrał królem Władysława (1471-1512). W wyniku wojny z Węgrami, Morawy, Śląsk i Łużyce pozostały w ręku popieranego przez papieża Korwina (1478), ale powróciły do Czech, gdy Władysława wybrano również królem Węgier (1490). Spór Jagiellonów i Habsburgów o kraje czeskie i Węgry rozstrzygnięto umową w Budzie o wzajemnym dziedziczeniu tronów w wypadku bezpotomnej śmierci; Ludwik Jagiellończyk ożenił się z Marią Habsburg, a jego siostra Anna wyszła za mąż za brata Marii, Ferdynanda Habsburga (1515).
Tymczasem w 1483 roku w Pradze kalikstyni, uprzedzając zamach katolików, zamordowali (II defenestracja) prokatolickich ławników (rajców). Wydarzenia te doprowadziły do pokoju między czeskimi katolikami, którzy uznali się za słabszych i zrezygnowali z walki z kalikstynami. Obie strony uchwaliły zakaz walk religijnych na 32 lata (sejm w Kutnej Horze, 1485), przedłużony następnie na „wieczne czasy” (1512), czyli w praktyce do roku 1567, kiedy to kompakta praskie przestały być prawem krajowym. Na mocy porozumienia w Kutnej Horze biskupi katoliccy wyświęcali księży utrakwistycznych. Nawet na Morawach Korwin musiał tolerować kalikstynów w związku z walkami dynastycznymi i niebezpieczeństwem tureckim. Sejm w Kutnej Horze zakończył budowę czeskiego państwa stanowego (1485-1620).
W wyniku epidemii, głodu i niedożywienia oraz wojen husyckich (1380-1480) ludność Królestwa Czeskiego zmniejszyła się blisko o połowę. Szlachta starała się zapewnić sobie siłę roboczą, uchwalając przywiązanie chłopów do ziemi (1487). Jednocześnie popadła w konflikt z miastami, gdyż w poszukiwaniu dodatkowych dochodów sama zakładała osady miejskie i browary, co było zastrzeżone dla mieszczan. Miasta uzyskały głos ważący na krajowym sejmie czeskim, ale tylko w sprawach ich dotyczących (1508). W swej walce ze szlachtą miasta utworzyły związek polityczno-wojskowy (1513). Obie strony zawarły w końcu ugodę (1517), na mocy której legalizowano osady i browary feudałów, ale miasta zachowały trzecią kurię na sejmie i prawo do sądzenia przestępstw popełnionych na swym terenie (1517).
Stany czeskie zamknęły się; na Morawach: pański czyli możnowładczy lub arystokratyczny w 1480 roku i rycerski w 1556, natomiast w Czechach odpowiednio w roku 1501 i 1564. Szlachta (panowie i rycerze) podlegała własnym sądom ziemskim. Stan miejski obejmował tylko mieszczan z miast królewskich, którym tę rangę nadawał król. Każdy ze stanów miał własną kurię na sejmie; każde miasto wysyłało jednego przedstawiciela do kurii miejskiej, rycerze wybierali posłów na sejmach wojewódzkich: 6 na Morawach i 14 w Czechach, rody magnackie miały swoje miejsca w kurii pańskiej (np. na Morawach 14 rodów).
Na Łużycach istniały tylko dwie kurie: szlachecka i miejska. Na Śląsku część księstw podlegała bezpośrednio królowi, a część miała swych książąt. Własne sejmy i statuty posiadały też: hrabstwo kłodzkie, Cheb i Loket. Król Czeski był jedcznocześnie margrabią morawskim. Na Łużycach w jego imieniu władzę sprawował fojt, na Śląsku – hejtmanie królewscy, na Morawach – hejtman krajowy, w Czechach – najwyższy purkrabi (kanclerz). Podkomorzy kontrolował miasta królewskie i zatwierdzał rajców. Najwyższy kanclerz miał prawo kontrasygnaty każdego aktu królewskiego.
Czescy katolicy przyjęli jeko pierwsi Renesans i humanizm, natomiast husyci widzieli w nim zaprzeczenie autorytetu Pisma Świętego i prawa bożego (np. kult pogańskiego antyku). Pod wpływem reformacji kalikstyni podzielili się na dwa obozy: staroutrakwistów, którzy zbliżali się do katolików i bliskich Lutrowi nowoutrakwistów.
Jeszcze bardziej popularne były nauki Kalwina. Trzecią grupę stanowili Bracia Czescy (1457), którzy z czasem zrezygnowali z obowiązkowego początkowo ubóstwa i izolacji od świata (w roku 1490 zgodzili się obejmować urzędy).
Po zgonie Ludwika II (1512-1526) pod Mohaczem czeski sejm krajowy wybrał królem Ferdynanda I Habsurga (1527-1564), który obiecał przestrzegać kompakty i zobowiązał się do obsadzania urzędów tylko Czechami. Śląsk, Morawy i Łużyce uznawały natomiast władzę żony Ferdynanda, Anny. Przeciwko centalizacyjnym i rekatolizacyjnym dążeniom Habsburgów walkę toczyła opozycja stanowa (1526-1620).
Reformacja spowodowała wznowienie konfliktu, gdyż szlachta czeska odmówiła walki przeciwko luteranom w Niemczech. Nieudane powstanie czeskie (1547) zakończyło się represjami, powtórną centralizacją, sprowadzaniem osadników do rejonów granicznych i górników z Niemiec, zaproszeniem Jezuitów (1556) i podporządkowaniem kalikstynów wskrzeszonemu arcybiskupstwu praskiemu (1561), które po śmierci Rokycana (1471) pozostawało nieobsadzone. Król potrzebował jednak poparcia stanów dla walki z Turkami, musiał więc zrezygnować z rekatolicyzacji, a nawet uzyskał u papieża zgodę na utrakwizm w Czechach i na Morawach (1564). Ponadto niemieckich luteran uważał za niebezpieczniejszych niż kalikstynów. Jego syn, Maksymilian (1564-1576), sprzyjał nawet niekatolikom. Pod naciskiem luteran zniósł on kompakta, gdyż te uprzywilejowywały utrakwistów wobec protestantów (1567), a sprawę wolności wyznania podjął sejm (1575). Luteranie, bracia czescy i nowoutrakwiści ułożyli wówczas nowe wyznaie wiary – konfesję czeską, która za swą podstawę przyjęła wyznanie augsburskie oraz tezy utrakwistów i braci . Powstał w ten sposób czeski narodowy kościół reformowany; jego jedność opierała się bardziej na woli politycznej niż spójności teologicznej. Tylko bracia czescy wybierali biskupów. Duchowieństwem kalikstyńskim kierowali natomiast administratorzy i dolny konsystorz, złożony z osób świeckich i duchownych (1478). Znajdował się on pod nadzorem 15 defensorów wybieranych po pięciu przez każdą kurię sejmu Królestwa Czskiego. Na Morawach zachowało się biskupstwo ołomunieckie, zaś kalikstyni nie tworzyli żadnej organizacji. Maksymilian ustnie zaaprobował konfesję czeską (1575) w zamian za zgodę sejmu na koronację na króla czeskiego swego syna Rudolfa II (1576-1611), wychowanego na arcykatolickim dworze hiszpańskiego Filipa II.
Pod koniec XVI wieku katolicy stanowili jedynie 12%-15% ludności Czech, ale tylko im Rudolf powierzał najwyższe urzędy. W wyniku wojny ze swym bratem, królem Węgier Maciejem, Rudolf utracił Morawy (1608). Zagrożony przejściem na stronę Macieja stanów czeskich, król wydał list majestatyczny w sprawie wolności religii (1609). Potwierdził w nim konfesję czeską; odtąd nikt nie mógł być zmuszany do zmiany wyznania. Do ochrony niekatolików powołano 30 defensorów, wybieranych po 10 przez każdą kurię sejmu Królestwa Czeskiego. Stany otrzymały dolny konsystorz i Uniwesytet Praski, a katolicy górny konsystorz. Osobny list majestatyczny uzyskali także luteranie na Śląsku. Inny dokument regulował stosunki między poszczególnymi Kościołami niekatolickimi. To taktyczne ustępstwo nie uratowało jednak Rudolfa, który musiał abdykować na rzecz Macieja (1611-1619). Doszło wówczas do decydującego starcia między kontrreformacyjną partią hiszpańską i niekatolicką opozycją stanową.
W związku z konfliktem o zbory zamykane przez katolików defensorzy zwołali do Pragi zjazd niekatolickich stanów. Wobec wrogości króla, zwolennicy reformacji, pod wodzą Jindrzícha Macieja Thurna miesiąc później wkroczyli na Hradczany i wyrzucili przez okno dwu namiestników królewskich (23 maja 1618). W wyniku III już defenestracji namiestnikom nic się nie stało, gdyż upadli na faszynę w fosie, ale ten czyn stał się początkiem wojny trzydziestoletniej. Zjazd niekatolickich stanów obalił władzę królewską (legalnym następcą zmarłego Macieja był jego bratanek, Ferdynand II) i powołał kolektywny organ 30 dyrektorów. Następnie sejm wybrał królem elektora palatyńskiego Fryderyka (1619-1620). Powstańcy czescy zajęli Czechy, Śląsk, Łużyce i Morawy, lecz bez pomocy Unii protestanckiej ulegli w bitwie pod Białą Górą wojskom Ligi Katolickiej (8.11.1620). Klęska ta zdecydowała o przyszłych losach narodu czeskiego.
Ferdynand II (1619-1637), po objęciu władzy w Pradze, zrównał w prawach język niemiecki z czeskim, nakazał przyjście katolicyzmu przez wszystkich poddanych, oprócz żydów (1627), do czeskiego sejmu krajowego wprowadził kurię prałacką, a sam sejm pozbawił inicjatywy ustawodawczej, na mocy ustaw o dziedziczeniu prawa do tronu zlikwidował elekcję królów czeskich (1627) i margrabiów morawskich (1628).
W Czechach zapanowała niepodzielnie kontrreformacja, z wyjątkiem Śląska, gdzie luteranie uzyskali ograniczoną tolerancję (1635). Spalono książki kalikstynów o temetyce religijnej, zmuszono poddanych do przejścia na katolicyzm, ale kontrreformacja działała również metodami pokojowymi, zwłaszcza poprzez szkolnictwo rozwijane przez Jezuitów, którzy przejęli też Uniwersytet Praski. Ostatecznie innowierców wygnano oficjalnie, dając im trzy tygodnie na opuszczenie kraju (1650), a na powracających nałożono karę banicji i ciężkich robót (1725-1781). W konsekwencji zmian po klęsce 1618 roku 120 tysięcy Czechów emigrowało, głównie do Rzeszy. Czechy utraciły swą elitę polityczną i intelektualną. W Czechach i na Morawach skonfiskowano około trzech czwartych majątków (konfiskaty dotknęły 980 na 1400 członków stanów pańskiego i rycerskiego posiadających prawo uczestniczenia w sejmach) i przekazano je sprowadzanym do kraju katolickim rodom niemieckim, wallońskim, włoskim i hiszpańskim, do których szybko asymilowała się czeska szlachta katolicka. Zwłaszcza, że po upadku Wallensteina została także dotknięta represjami, gdyż oskarżono ją o spiskowanie z tym wybitnym wodzem Ligi Katolickiej przeciwko cesarzowi. W ten sposób powstała szlachta austriacka wierna dworowi Habsburgów i żyjąca w kręgu kultury niemieckiej. Ukształtowało się wśród niej przekonanie, że ojczyzna jest tam, gdzie się mieszka i gdzie się dobrze powodzi, co stało się póżniej podstawą dla rozwoju patriotyzmu krajowego, zaś nieobecny patriotyzm państwowy zastąpiło oddanie dynastii. Czechami pozostali głównie chłopi i mieszkańcy małych miasteczek, gdyż warunkiem awansu społecznego było przejście na język niemiecki. Okres 1620-1740 tradycyjnie nazwany jest przez Czechów „epoką ciemną”, choć do całkowitego przerwania ciągłości kulturalnej nie doszło. Najważniejszą konsekwencją Białej Góry było cofnięcie ekonomicznego i społecznego rozwoju Czech, które przeszły do grupy krajów Europy Środkowej, podczas gdy przed wojną 30 letnią szły tę samą drogą co państwa Europy Zachodniej.
W wyniku wojny 30-letniej ludność Czech spadła z 1,7 miliona do 0,9 miliona, a Moraw z 900 do 600 tysięcy. Nastąpiło wtórne poddaństwo chłopów, gdyż szlachta chciała zapewnić sobie robociznę w sytuacji braku rąk do pracy, choć pańszczyzna nie przekroczyła 3 dni w tygodniu zgodnie z patentem cesarskim z 1680 roku, wydanym dla rozładowania nastrojów po wielkim powstaniu chłopskim. Folwarki rozwijały się od połowy XVI wieku, ale nigdy nie przybrały takich rozmiarów jak w Europie Wschodniej. Szlachta szukała dodatkowych dochodów w browarnictwie i hodowli ryb, gdyż dla produkcji zbożowej warunki były gorsze niż na Ukrainie.
Na ucisk chłopi odpowiadali licznymi lokalnymi buntami. Po największym powstaniu w 1775 roku, cesarz uzależnił wielkość pańszczyzny od zamożności gospodarstw, znacznie ją redukując dla najbiedniejszych i nakazał przeprowadzenie oczynszowania w dobrach państwowych, kościelnych i miejskich (1775). Wkrótce też zlikwidowano poddaństwo (1781).
Wojny prowadzone przez Austrię kosztowały Czechy utratę Łużyc (1635), Śląska i Kłodzka (1742), pozostawiając im tylko Śląsk Opawski i Cieszyński. W wiekach XVII-XVIII dalej postępowała centralizacja, która pozbawiła kraje korony czeskiej odrębności państwowej; osobną kancelarię czeską w Wiedniu zlikwidowano w 1749 roku i ujednolicono sądownictwo (1770). W 1804 Czechy zostały częścią właśnie ogłoszonego Cesarstwa Austriackiego. Absolutystyczne rządy Habsburgów nie pozostawiały miejsca na samodzielną działalność sejmów krajowych. Odwrócenie trendów germanizacyjnych nastąpiło dopiero wraz z likwidacją poddaństwa i napływem czeskich chłopów do miast, które rozwijały się szybko w związku z przekształceniem Czech, po utracie Śląska, w przemysłowe centrum Austrii.
Mieszczaństwo czeskie miało stać się już wkrótce głównym nośnikiem odrodzenia narodowego. Przyspieszył je również patent tolerancyjny (1781), który jednak nie objął husytów i braci czeskich; musieli oni przystąpić do kalwinów lub luteran. Jednocześnie z terenu Niemiec szerzyły się wpływy romantyzmu i jego koncepcja narodu, zaś absolutyzm oświecony potrzebował sprawnych i wykształconych urzędników dla swojego aparatu, a więc inteligencji.
Pewien regres w nauczaniu języka czeskiego nastąpił po likwidacji szkolnictwa jezuickiego (1773), które używało go często i po wprowadzeniu świeckich czteroklasowych szkół głównych i trzyklasowych szkół miejskich z językiem niemieckim jako wykładowym (1777). W 1784 roku niemiecki został językiem urzędowym w Czechach, ale nie oznaczało to całkowitego zarzucenia czeskiego, gdyż wykładano go Uniwersytecie Wiedeńskim (1754) i w tamtejszej akademii wojskowej. W Pradze założono teatralną scenę czeską (1786) oraz utworzono na Uniwersytecie Praskim katedrę języka czeskiego (1791), zezwolono na wprowadzenie nauki czeskiego do gimnazjów w miejscowościach czeskich i przyznano pierwszeństwo w zatrudnianiu na terenach czeskich urzędnikom władającym językiem czeskim (1816). W czasie wojen napoleońskich władze odwołały się do militarnych tradycji husyckich, które starano się wskrzesić, by zachęcić Czechów do walki przeciw Napoleonowi.
Pierwsze „filologiczne pokolenie” działaczy narodowych, np. językoznawcy Josef Dobrowsky (1753-1829) i Frantiszek Martin Pelcl (1734-1801), ograniczało się jeszcze do piszącej po niemiecku elity naukowej, która badała czeski i nie była pewna czy uda się doprowadzić do odrodzenia tego języka. Najbardziej popularne były obrony języka czeskiego, np. pióra Karola Ignacego Tháma, często pisane po niemiecku i przeznaczone dla szlachty. W 1789 roku ukazało się pierwsze czasopismo czeskie redagowane przez Václava Krameriusa: „Vlastenecké noviny”. Ruch czeski korzystał z pomocy finansowej zgermanizowanej szlachty, która popierała go, gdyż dążyła w ten sposób do zachowania odrębności ziem czeskich i prawa krajowego w walce z centralizmem wiedeńskim, nie przekraczając jednak granic lojalizmu wobec dynastii. Popieranie krajowych tradycji uważano też za obowiązek moralny. Był to bohemismus, tj. patriotyzm krajowy – zemské vlastenectví, czyli przywiązanie do kraju zamieszkania, a nie do zamieszkującego go narodu. W konsekwencji od początku ruch czeski był lojalny wobec Habsburgów.
Ówczesna opozycja stanowa jednocześnie zachowywała wierność cesarzowi (królowi czeskiemu) i przeciwstawiała się państwu austriackiemu, którego centralizm ograniczał prawa krajowe. Walka o zachowanie tożsamości i odrębności ziem czeskich, a więc o utrzymanie języka i tradycji, była formą obrony przed centralizmem. Opozycja stanowa zachowywała neutralność zarówno wobec narodowego ruchu czeskiego jak też niemieckiego. W tym czasie za naród uważano wszystkich mieszkańców kraju bez względu na język, którym się posługiwali. Bernardo Bolzano stworzył koncepcję czeskiego (böhmisch) narodu politycznego dzielącego się na gałąź niemiecką i czeską w sensie językowym (1816). Stąd powstało rozróżnienie między Czechami w sensie politycznym (die Böhme) i Czechami w sensie narodowym (Czesi). Kierunek ten kontynuowali później konserwatyści skupieni wokół hr. Leo Thuna (1811-1888).