Monachium otworzyło okres II Republiki Czecho-Słowackiej (30.09.1938-5.03.1939), od 19 listopada 1938 roku oficjalnie zwanej Republiką Czecho-Słowacką. Do władzy doszły ugrupowania profaszystowskie i proniemieckie; MSZ objął Frantiszek Chvalovsky (4.10), Benesz podał się do dymisji (5.10) i wkrótce wyjechał za granicę, a jego stanowisko objął Emil Hácha (30.11), nowym premierem został Rudolf Beran (28.11), przewodniczący Partii Jedności Narodowej, utworzonej z agrariuszy i większości partii prawicowych, które formalnie rozwiązały się, a w opozycji pozostała utworzona w grudniu przez socjaldemokratów i lewicowych narodowych socjalistów Narodowa Partia Pracy. Komuniści przeszli do podziemia a ich kierownictwo wyjechało do Moskwy. Partia Berana przewidywała wprowadzenie totalitaryzmu w postaci systemu włoskiego (16 luty 1939). Nowy rząd chciał orientować się na Rzeszę, ale ta nie potrzebowała czeskiego państwa wasalnego i postanowiła zlikwidować II Republikę. 14 marca.1939 roku Węgry wystosowały ultimatum o przekazanie Rusi Zakarpackiej a sejm słowacki ogłosił niepodległość (o roli kwestii słowackiej, patrz: Józef Darski, Słowacja, stosunki słowackoczeskie).
14/15 marca 1939 roku Hitler wezwał Háchę. który pod groźbą zbombardowania Pragi, podpisał prośbę o objęcie przez Niemcy prorektoratu nad Czechami i Morawami. Wojska niemieckie zajęły oba kraje bez oporu, z wyjątkiem starcia z oddziałem kpt. Pavlíka w Místku. Hacha stał nadal na czele rządu Prorektoratu Czech i Moraw jako autonomicznej części Rzeszy (16.03). Zachowano instytucje czeskie, w tym sądownictwo, policję i wojsko. Rządem krajowym kierowali kolejno: Beran, Alois Eliasz, dr. Jaroslav Krejczi i Richard Bienert. Do wiosny 1942 roku kontrola niemiecka była mniej rygorystyczna, istniał też ruch typu faszystowskiego (korporacyjnego) powstały z połączenia wszystkich (z wyjątkiem komunistów) partii politycznych, nazwany Wspólnota Narodowa (Národní sourucenství). Protektorem został mianowany Konstantin Neurath, a sekretarzem stanu Karl Hans Frank, były przewodniczący klubu parlamentarnego DNSAP.
28 października 1939 roku doszło do manifestacji patriotycznych, głównie studenckich. W wyniku starć zmarły dwie osoby: Václav Sedlaczek i student Jan Opletal (17.11). W odwecie Niemcy zamknęli na trzy lata szkoły wyższe. Większość ludności zajęła postawę pasywną. System zachęt stworzony przez Niemców powodował, że społeczeństwo chętnie pracowało na potrzeby niemieckiej machiny wojennej. Część polityków pozostała w oficjalnych strukturach zachowanych lub stworzonych przez okupanta, ale premier Eliasz jednocześnie organizował ruch oporu; jego Obrona Narodu (Obrona národa) grupowała koła wojskowe. Przedstawiciele byłych partii utworzyli Centrum Polityczne (Politické Ústrzedí), zaś lewica (socjaldemokraci i narodowi socjaliści) Komitet Petycyjny „Pozostaniemy Wierni” (Peticzní Vybor «Vierni Zustaneme»). Te trzy organizacje utworzyły latem 1940 roku Centralne Kierownictwo Ruchu Oporu – ÚVOD (Ústrzední Vedení Odboje Domacího). Komuniści występowali natomiast przeciwko Beneszowi i „imperialistom zachodnim”.
Latem 1941 roku ÚVOD przyjął do swego składu komunistów, którzy zmienili front po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej i zmienił nazwę na Centralny Komitet Narodowo- Rewolucyjny Czechosłowacji.
Zmiana względnie łagodnego kursu zaczęła się wraz z objęciem stanowiska protektora przez Reinharda Heydricha (27.09.1941), który dążył za wszelką cenę do zwiększenia wysiłku gospodarczego Czech na rzecz wojny. W październiku 1941 roku Niemcy rozbili Centralny Komitet, a gen. Eliasza aresztowali (później został stracony). Wprowadzono stan wyjątkowy i zamordowano 500 osób. Dokonano też czystek we władzach Protektoratu i ograniczono jego autonomię. Przybyła wówczas z Londynu jedna z siedmiu grup skoczków o kryptonimie « Anthropoid » dokonała udanego zamachu na Heydricha (27.05.1942), który zmarł z ran 6 czerwca. Wyrok wydany przez rząd na wygnaniu wykonali Morawianin Jan Kubis i Słowak Jozef Gabczik. W odwecie sekretarza stanu Protektoratu Karl Hans Frank kazał zlikwidować wsie Lidice (10.06) i Leżaky (24.06), wydano 1800 wyroków śmierci. Grupa « Athropoid » została wydana przez jednego ze skoczków zrzuconych na początku 1942 roku. Po siedmiogodzinnej obronie w cerkwi Karola Boromeusza w Pradze, 5 skoczków popełniło samobójstwo, a dwaj ciężko ranni zmarli w szpitalu.
Ruch oporu został w praktyce rozbity i jego centralne kierownictwo już nigdy się nie odbudowało. Gestapo dysponowało doskonałą siecią 80 tysięcy agentów, którzy przeniknęli do czeskich grup oporu i sparaliżowali je. Grupy oporu na ogół nie działały dłużej niż jeden rok. Latem 1944 roku komuniści zorganizowali ośmiotysięczny ruch partyzancki w górach morawskich. Niekomunistyczna Rada Trzech, powstała z członków Obrony Narodu, którzy uniknęli aresztowania, planowała wywołanie powstania. Straty wojenne Czechów (bez ludności żydowskiej) wyniosły od 36 do 55 tysięcy osób.
Anglia, Francja, Stany Zjednoczone i ZSRR oficjalnie nie akceptowały utworzenia Protektoratu, choć z wyjątkiem USA uznawały decyzje monachijskie. Pozostawało więc kwestią otwartą, czy rząd czechosłowacki na emigracji ma być kontynuacją II Republiki, jak chcieli alianci i co proponował ambasador we Francji, Stefan Osusky, a co oznaczało uznanie Monachium, czy nawiązywać do I Republiki, jak pragnął Benesz, by w ten sposób przekreślić monachijskie decyzje, czemu Zachód był początkowo przeciwny.
We Francji Benesz utworzył Czechosłowacki Komitet Narodowy (wrzesień 1939), a w Legii Cudzoziemskiej powstały oddziały czechosłowackie, które miały stać się podstawą dla przyszłej armii. Po kapitulacji Francji 4 tysiące żołnierzy czechosłowackich ewakuowano do Anglii.
W Anglii ukonstytuowały się władze emigracyjne; prezedenturę objął Benesz, premierem został msg. Jan Szrámek, ministrem spraw zagranicznych Jan Masaryk, ministrem obrony narodowej gen. Sergej Ingr, powołano też Radę Państwa, czyli parlament. Jednostki czechosłowackie walczyły na Wschodzie, w Anglii, w Tobruku (październik 1940) i od początku 1943 roku na Ukrainie.
W Anglii znalazła się też 3-tysięczna grupa antyfaszystów sudeckich, głównie socjaldemokratów. Po przyłączeniu Sudetów do Rzeszy tysiące Niemców uciekło do środkowych Czech, ale 20 tysięcy spośród nich Czesi wydali hitlerowcom, co dla wielu zakończyło się zesłaniem do obozów koncentracyjnych.
Niemieccy antyfaszyści starali się uciec z Czech do państw zachodnioeuropejskich i USA. Na czele tej emigracjii stanął Wenzel Jaksch, który zastąpił dra Czecha na stanowisku przewodniczącego socjaldemokracji niemieckiej (26.03.1938). Jaksch prowadził długotrałe rokowania z Beneszem w sprawie przystąpienia do Rady Państwa i grupowego wstąpienia niemieckich emigrantów do czechosłowackich jednostek wojskowych. Jaksch nie mógł jednak zgodzić się na deportację nawet części Niemców Sudeckich i stosowanie zasady odpowiedzialności zbiorowej pod groźbą utraty wiarygodności, Benesz natomiast przeciągał rokowania słusznie uważając, że czas gra na jego korzyść i pod koniec wojny porozumienie z Niemcami Sudeckimi w ogóle stanie się zbędne. Mimo początkowych nacisków angielskich negocjacje czesko-niemieckie nie doprowadziły więc do żadnego porozumienia.
Czechosłowacki Komitet Narodowy w pierwszym okresie nie był uznawany przez aliantów za rząd na wygnaniu ze względu na ich aprobójący stosunek do decyzji Monachijskich i dlatego funkcjonował właśnie jako komitet. Dopiero w półtora roku po swym utworzeniu został on uznany za rząd Czechosłowacji de iure przez Anglię i Sowiety (18.07.1941) oraz USA (31.07.1941). USA nigdy nie zaakceptowały decyzji monachijskich. Pierwsze uznały Czechosłowację w granicach przedmonachijskich, a więc również z Rusią Zakarpacką, Sowiety (9.06.1942), potem Anglia (5.08.1942), choć ogólnikowo, zaś gen. De Gaulle określił postanowienia monachijskie jako nieważne (29.09.1942).
18 lipca 1941 roku Benesz podpisał czechosłowacko-sowiecką umowę o sojuszu i wspólnej walce przeciwko Niemcom. Następnie we wrześniu zawarto układ o utworzeniu czechosłowackich oddziałów wojskowych na terenie ZSRS; formowano je od początku 1942 roku w Buzułuku pod dowództwem płka Ludvíka Svobody. Znaczna część ich żołnierzy rekrutowała się z Rusinów zbiegłych z Rusi Zakarpackiej do ZSRS po aneksji węgierskiej oraz z Czechów wołyńskich. Jednocześnie Benesz dopuścił komunistów do agent rządu emigracyjnego.
Początkowo Benesz chciał oprzeć się na sojuszu z Polską; rozmowy rozpoczęte w listopadzie 1940 roku doprowadziły do zawarcia umowy o konfederacji (styczeń 1942), ale wycofał się z niej na żądanie Sowietów, których uznał za najważniejszego obrońcę w konflikcie z Niemcami (Stalin zgodził się na deportację ok. 1 miliona Niemców 5.06.1943).
12 grudnia 1943 roku, w czasie wizyty w Moskwie, Benesz zawarł z Sowietami układ sojuszniczy „o przyjaźni, wzajemnej pomocy i powojennej współpracy”. Benesz zaproponował wówczas rezygnację z Rusi Zakarpackiej, ale Stalin namawiał do jej zachowania w ramach Czechosłowacji. Według koncepcji Benesza po wojnie Czechosłowacja miała być pomostem między Zachodem a demokratyzującymi się Sowietami Stalina.
Jednocześnie w Moskwie odbyły się rozmowy Benesza i Klementa Gottwalda, ówczesnego sekretarza generalnego Komunistycznej Partii Czech. Obaj przywódcy uzgodnili wstępnie, że powstanie Front Narodowy i tylko partie, które zostaną doń przyjęte będą miały prawo legalnego działania. Jeszcze przed wojną Benesz uważał, że liczba partii politycznych w Czechosłowacji powinna być ograniczona do 3-4. Negocjatorzy nie mogli się tylko zgodzić w sprawie statusu komitetów narodowych (rad narodowych), które dla komunistIEw miały być instrumentem przejmowania władzy w terenie.
W czasie II konferencji moskiewskiej (22-30.03.1945), na którą zaproszeni zostali przedstawiciele 4 partii czeskich: komunistycznej, socjaldemokratycznej, ludowej i narodowo-socjalistycznej oraz delegacja Słowackiej Rady Narodowej (komuniści i demokraci), ustalono, że pozostałe partie polityczne zostaną zdelegalizowane, a ich przywódcy oddani pod sąd jako kolaboranci. Uczestnicy konferencji utworzyli Front Narodowy i zgodzili się, że nie zezwolą na działalność innym partiom. Każda z 6 partii Frontu delegowała po 3 przedstawicieli do rządu: premierem został socjaldemokrata Zdeniek Fierlinger, agent NKWD od 1934 roku. Komuniści czescy i słowaccy obsadzili w sumie 8 ministerstw, w tym stanowiska dwu wicepremierów (Klement Gottwald i Viliam Sziroky), MSW (Václav Nosek), MON powierzono gen. Ludvíkowi Svobodzie, agentowi NKWD od 1939 roku i dowódcy armii czechosłowackiej w ZSRS, resort informacji objął Václav Kopecky, rolnictwa Julius D’urisz, pracy Jozef Szolteż, a Vladimír Clementis został sekretarzem stanu w MSZ. Przedstawiciele ruchu oporu w kraju nie uzyskali żadnej teki ministerialnej.
Benesz powrócił do Humennego z gabinetem wyznaczonym w Moskwie (3.04.1945). Jednocześnie wojska sowieckie zajęły Koszyce, gdzie ogłoszono program nowego rządu (3.04). Działalność partii prawicowych I Republiki: agrariuszy, narodowych demokratów, rzemieślników i innych została
zakazana.
W kwietniu zachodnie Czechy zdążyła wyzwolić armia amerykańska, a 6 maja Amerykanie byli już w Pliznie. Gdy wybuchło powstanie w Pradze (5.05.1945), Sowieci odrzucili propozycję Dwighta Eisenhowera, by armia amerykańska doszła do Wełtawy. Powstańców przed kontruderzeniem niemieckim uratowali własowcy, którzy przeszli na ich stronę, ale 8 maja wycofali się, gdyż Czeska Rada Narodowa nia mogła im dać gwarancji bezpieczeństwa. Oddziały Wehrmachtu odeszły do niewoli amerykańskiej po podpisaniu porozumienia przez Alberta Prażaka i gen. Karla Kutlvaszera. Opór zbrojny stawiało natomiast gestapo. 9 maja Pragę zajęła Armia Sowiecka. Na mocy późniejszego porozumienia amerykańsko-sowieckiego wojska obu mocarstw wycofały się z Czechosłowacji do końca 1945 roku.
Tymczasowe Zgromadzenie Narodowe zostało wyznaczone (28.09.1945) przez 6 partii Frontu Narodowego, z których każda mianowała po 50 posłów. W rzeczywistości wszystkie decyzje podejmowała Rada Frontu, składająca się z przewodniczących sześciu partii. Rządzono za pomocą dekretów prezydenckich; dwie trzecie potencjału produkcyjnego przejęło państwo na mocy dekretów o nacjonalizacji przemysłu, banków i kopalń (24.10.1945). Państwo przejęło majątek Niemców, Węgrów i kolaborantów (19.05). Duży dekret retrybucyjny (19.06) i mały (27.10) dotyczyły ściagania przestępstw popełnionych w czasie okupacji. Zgromadzenie Narodowe ogłosiło za nieścigane przestępstwa popełnione z powodu walki z okupantem między 30 października 1939 roku a 28 września 1945 roku, gdyż były one wyrazem tęsknoty za sprawiedliwą zemstą (maj 1946), aprobując w ten sposób powojenne bezprawie. Komuniści prowadzili propagandę nacjonalistyczną. Z narodowego funduszu ziemi, powstałego z konfiskat mienia niemieckiego, węgierskiego i majątku kolaborantów czeskich, rozdawano ziemię pod hasłem „Naprawiamy Białą Górę”.
Demokratyczne, choć nie wolne wybory przyniosły w Czechach 40,17% głosów komunistom, 15,58% prokomunistycznym socjaldemokratom, 20,24% morawskim ludowcom (katolikom) i 23,66% narodowym socjalistom (26.05.1946). Białych kartek, oznaczających głos przeciwko partiom Frontu oddano 0,35%. Wynik uzyskany przez komunistów był najlepszym jaki kiedykolwiek ruch ten uzyskał w demokratycznych wyborach w jakimkolwiek kraju. Do dziś toczy się dyskusja nad przyczynami tego zjawiska, wśród których wymienia się panslawizm Czechów, laicyzację społeczeństwa (a nawet antykatolicyzm), nacjonalistyczne nastroje powojenne, brak poważnej, legalnej siły antykomunistycznej, zważywszy dobrowolną kolaborację narodowych socjalistów z Moskwą.
W konstytuancie komuniści czescy i słowaccy mieli 114 mandatów, narodowi socjaliści – 55, ludowcy – 46, słowaccy demokraci – 43, czescy socjaldemokraci (ze słowacką Partią Pracy) – 39 i słowacka Partia Wolności – 2 mandaty.
Nowym premierem został Gottwald; komuniści uzyskali 9 ministerstw, narodowi socjaliści, demokraci, ludowcy po cztery, socjaldemokraci – 3, MSZ objął bezpartjny Jan Masaryk, a obronę Svoboda. Komuniści przejęli też kontrolę nad związkami zawodowymi (Antonín Zápotocky).
Korzystając z kontroli nad siłami bezpieczeństwa komuniści infiltrowali partie demokratyczne i organizowali przeciwko nim prowokacje, by wyeliminować polityków niezależnych. Partie demokratyczne nie poddawały jednak w wątpliwość sojuszu z ZSRS, a jedynie skarżyły się na jego konsekwencje. Latem 1947 roku Czechosłowacja na żądanie Stalina wycofała się z udziału w planie Marshalla.
Komuniści, obawiając się, że nie wygrają następnych wyborów wyznaczonych na maj 1948 roku, rozpoczęli kampanię wieców, by wymusić na demokratach zgodę na przyjęcie komunistycznych organizacji masowych do Frontu Narodowego i do głosowania na jedną listę. Opozycja postanowiła wówczas usunąć komunistów z rady ministrów. Rząd zdecydował się wstrzymać wykonanie decyzji ministra Noska o usunięciu 8 niekomunistycznych oficerów z MSW, co dałoby komunistom kontrolę nad Pragą (13.02.1948). Nosek jednak zignorował postanowienie rządu. Wówczas niekomunistyczni ministrowie zagrozili, że podadzą się do dymisji, jeśli Nosek nie zastosuje się do decyzji rządu (17.02). Liczyli oni na poparcie socjaldemokratów i prezydenta Benesza, który wobec kryzysu rządowego powinien natychamiast rozpisać wybory.
Narodowi socjaliści: Petr Zenkl, Hubert Lipka, Jaroslav Stránsky, Prokop i ludowcy: Jan Szrámek, Frantiszek Hála, Adolf Procházka, Jan Kopecky a także słowaccy demokraci: Sztefan Koczvara, Ivan Pietor, Mikolász Franek i Ján Lichner złożyli dymisję (20.02).
Następnego dnia komunniści wyrzucili zbuntowane partie z Frontu Narodowego, rozszerzyli jego skład i obsadzili stolicę oddziałami policji. Benesz przyjął dymisję niekomunistycznych ministrów i powierzył sformowanie nowego rządu Gottwaldowi. Jego gabinet, złożony z komunistów, ich kolaborantów i agentów należących do zbuntowanych partii został zatwierdzony przez przezydenta (25.02.1948), po czym Benesz podał się do dymisji (7.06.1948), nie podpisując nowej ordynacji wyborczej, ani ustawy o przejęciu władzy przez klasę robotniczą. Benesz ustapił pod wrażeniem zaiscenizowanych masowych demonstracji i gróźb wojną domową z komunistami, by uniknąć konieczności ponoszenia ofiar. Dzięki prezydentowi komuniści doszli więc do władzy drogą konstytucyjną. Większość społeczeństwa zachowała się biernie. Armia pod dowództwem Svobody zachowała neutralność. Czystka, która teraz nastąpiła w aparacie państwowym, objęła 28 tysięcy osób. W kwietniu 1948 roku włączono partię socjaldemokratyczną do komunistycznej oraz znacjonalizowano zakłady zatrudniające ponad 50 osób. Sektor państwowy objął 95% zatrudnionych. Partię Narodowo-Socjalistyczną przemianowano na Czechosłowacką Partię Socjalistyczną – CSS i pozwolono jej zachować jedynie 15 tysięcy spośród 600 tysięcy członków.
Komuniści chcieli uzyskać poparcie dla nowego ustroju ze strony Kościoła katolickiego, ale konferencja biskupów w Brnie nie zgodziła się wydać oświadczenia o lojalności (4.03.1948). We Froncie Narodowym utworzono wówczas (18 marca) komisje kościelne od szczebla wojewódzkiego (KNV) wzwyż. Miały się one składać z przedstawicieli wszystkich Kościołów. ale arcybiskup praski Beran listem z 21 kwietnia zakazał księżom swej diecezji działalności politycznej, a więc w praktyce udziału w komisjach, wyborach i piastowania urzędów. Podobne stanowisko zajęli arcybiskupi w Ołomuńcu i Brnie, a potwierdziła je konfencja biskupów w Ołomuńcu (3 maja).
W wyniku trzech spotkań przedstawicieli Frontu Narodowego i Kościła katolickiego (10, 14 i 24 maja) zawarto wprawdzie porozumienie w sprawach mniej istotnych, ale biskupi nie ustąpił w kwestii zasadniczej i nie wydali listu pasterskiego zachęcającego do udziału w wyborach, czego domagali się komuniści.
30 maja 1948 odbyło się głosowanie wyłącznie na jedną listę Frontu Narodowego. Według sfałszowanych danych uzyskała ona 89,2% głosów. Gottwald został prezydentem (14.06), a Zapotocky objął tekę premiera (15.06).
20 czerwca we wszystkich kościołach odczytano list pasterski arcybiskupa Berana wyjaśniający, iż odśpiewanie Te Deum z okazji wyboru prezydenta nie oznacza politycznej zgody z reżymem oraz zawieszono księdza Josefa Plojhara posła Frontu Narodowego i przewodniczącego ludowców. W odpowiedzi komisja kościelna KC KPCz postanowiła przejść do otwartego ataku na Kościół (3.07). 30 sierpnia władze przyjęły plan utworzenia Kościoła narodowego niezależnego od Watykanu. Biskupi czescy jednak nie ustępowali i wydali list pasterski wzywający wiernych do pozostania przy Kościele i jedności z księżmi w obliczu nacisku organów państwowych (17.10.1948). 19 stycznia 1949 roku biskupi przekazali Gottwaldowi dziesięciopunktowe memorandum w sprawie wznowienia negocjacji z władzami. Domagano się w nim m. in. zaprzestania ataków na Kościół i papieża, swobody zapisu uczniów do szkół kościelnych, zagwarantowania prawa do organizowania związków religijnych, swobody dla prasy kościelnej, wglądu do rejestrów skazanych. KC postawioło wówczas cztery warunki zawarcia porozumienia odnośnie postulatów memorandum: wydanie deklaracji lojalności, odwieszenie Plojhara, karanie kanoniczne duchownych skazanych za działalność antypaństwową i zezwolenie na współpracę księżom z organami władzy ludowej (7.02.1949). Biskupi zebrani w Starym Smokowcu nie chcieli słuchać sprawozdania w sprawie warunków, przerwali konferencję i negocjacje z władzami (22-23.03.1949). W maju arcybiskup Berana napisał w swym okólniku: jakakolwiek współpraca i kolaboracja z tymi, którzy ograniczają prawa i swobody Kościoła pociąga za sobą ekskomunikę ipso facto.
Józef Darski